Ementas de Disciplinas oferecidas pela Pós-Graduação em Biofísica

Abordagens histológicas da retina - 90 horas
Patricia Franca Gardino

Trata-se de um curso eminentemente prático, mas que também aborda aspectos teóricos da metodologia usada rotineiramente no laboratório de Neurobiologia da Retina.  O aluno pode usar em seu modelo de tese estas técnicas para visualizar marcadores celulares (glia/neurônio), enzimas de síntese para neurotransmissores, receptores de membrana, proteínas de citoesqueleto, entre outros.  Estudará através da histoquímica enzimática o estado de ativação de enzimas; e algumas colorações de rotina para o tecido retiniano.   Cada aluno trará seu problema metodológico para tentar ser respondido por algumas destas técnicas.

ACADEMIC WRITING FOR AN INTERNATIONAL SCIENCE - 30 horas
Ana Paula Cabral de Araujo Lima

Ementa:

Ementa:

  1. Introduction - Why a course on Academic Writing in the English Language? English as the universal language of Science.  Levels of proficiency in English; The language in Scientific Writing.
  2. Science Writing is Storytelling.
  3. Story Content:
  • Making a story to sticky.
  1. Story Structure:
  • The ABCDE structure. The Lead Development (LD) structure; the IMRAD structure (Introduction, Material and Method, Results and Discussion).
  • Writing for lay public; the flow of science: Data-Information-Knowledge-Understanding-Application.
  • Text structure for lay public.
  • The IMRAD structure.
  • Prewriting: collecting, synthesizing, organizing information and preparing figures and tables, brainstorm. First draft. Revision.
  • Tables and figures.
  • Results – Structure. Guidelines and Signals. Verb tense(s). Examples.
  • Methods – Structure. Guidelines and Signals. Precise use of English for M/M. Verb tense(s). Examples.
  • Introduction – Structure. Guidelines and Signals. Verb tense(s).  Components and format: funnel structure. Question or objectives? Introduction in Descriptive Papers  X  Investigative Papers.  Examples.
  • Discussion – Structure. Guidelines and Signals. Verb tense(s).  Components and format pyramid structure. First, middle and last paragraphs. Dealing with work limitations. Common problems of the discussion. Examples.
  • Abstract – Structure. Guidelines and Signals. Verb tense(s). Examples.
  • Title, Key Words and Running Head. Guidelines. Examples.
  • Plagiarism and Paraphrasing. Bibliography

 

 

  1. Story Language:
  • English as the universal language of science; Word Choice. Misused Words. Energizing writing: Active X Passive voice; weak verbs. Why do nominalization exist? Nominalization of verbs, adjective nominalization. Prepositional phrases.
  • The Topic and Stress Parts of Sentences. Subject-Verb connection. Cleaning the topic. Unburying the stress. Long sentences.
  • Flow: approaches to creating flow; list or story.
  • Parallel and Nonparallel Ideas. Parallelism and coordination of ideas. Paragraphs; liking paragraphs; power position. Organizing details within the paragraph.

 

  1. Key terms; key term repetition throughout the paper.
  2. Condensing a text.
  • Strategy for condensing: redundancies, obvious, modifiers, adjectives and adverbs, meta-discourse and verbosity.
  •  Latin x Anglo-Saxon words.
  1. A few grammar tips. Punctuation.
  2. Revising the First Draft; Subsequent revisions.
  3. Final Version, Submission, and Peer Review:
  •  General Advice; Cover Letter; Letter from the editor and response.
  1. Posters: Format, Sections, Photos, Figures, Tables and Do and Don’t. Presenting a poster.

Ancoras de Glicosilfosfatidilinositol (Gpi) - 30 horas
Norton Heise

Discussão da estrutura e biossíntese das diferentes formas de âncoras GPI, as principais metodologias empregadas na sua detecção e caracterização, e qual a sua distribuição e importância para protozoários, fungos e mamíferos. Serão abordados de maneira detalhada todos os aspectos complexos (bioquímicos e moleculares) que envolvem a sua: (i) biossíntese; (ii) espécie-especificidade; (iii)  topologia/compartimentalização; e (iv) enzimologia. Aspectos dinâmicos do transporte, direcionamento, distribuição e das funções de moléculas ancoradas via GPI serão abordados utilizando modelos celulares de mamíferos, fungos, e de protozoários como T. brucei e Leishmania sp. Finalmente, serão também abordadas algumas das patologias em que proteínas ancoradas via GPI estão envolvidas. As atividades serão divididas entre aulas expositivas e apresentação de seminários acompanhados de discussão. A avaliação será feita através do desempenho do aluno na apresentação dos seminários e na avaliação escrita.

Avaliação da contaminação ambiental e humana por metais pesados - 30 horas
Olaf Malm

Profs. Colaboradores: Jean Remy Davée Guimarães e João Paulo Machado Torres

Ciclo Geral de Metais; Metais Pesados, toxicidade; Emissões naturais e antropogênicas: Origem e quantificação relativa. Usos Industriais. Formas dos metais no meio ambiente. Lançamentos e transformações. Metais dissolvidos ou associados a partículas. O que é disponível biologicamente? Incorporação biológica. Acumulação e biomagnificação. Transformações nos organismos. Homem. Tempo de residência. Efeitos tóxicos. Monitoração. Utilização de traçadores radioativos e isótopos estáveis em ciências ambientais, possibilidades e limitações. Estudos de casos. Rio Paraíba do Sul - Rio Guandu: Cádmio no Rio Paraibuna. Amazônia; Minamata; Toyama. Seminários. Teste de percepção de risco de câncer para diferentes agentes tóxicos.

Bases Bioquímicas da Neurotransmissão Sináptica - 120 horas
Fernando Garcia de Mello

Prof. Colaborador: Ricardo Augusto de Melo Reis

Síntese e degradação de GABA no SNC. Descarboxilase do ácido glutâmico (GAD). Receptores Gabaérgicos; localização do sistema Gaba no SNC; liberação sináptica; efeito de drogas; implicações fisiológicas e patológicas dependentes de Gaba. Técnicas para estudo do sistema Gabaérgico. Síntese e degradação de catecolaminas; enzimas envolvidas no metabolismo de catecolaminas; receptores dopaminérgicos, participação do AMPc na modulação dopaminérgica; localização do sistema dopaminérgico no SNC; liberação sináptica, efeito de drogas; implicações fisiológicas e patológicas dependente de dopamina. Técnicas para o estudo do sistema dopaminérgico. Síntese e degradação da acetilcolina; receptores nicotínicos e muscarínicos; localização do sistema colinérgico no SNC; liberação sináptica. Aminoácidos excitatórios e neurotoxicidade; papel em  disfunções do SNC. Modelos de estudo: retina de aves, cultura de células e de  tecido nervoso.

Bases moleculares da progressão tumoral - 60 horas
Bruno Lourenço Diaz

O curso abordará aspectos envolvidos no desenvolvimento tumoral incluindo as capacidades adquiridas pela célula tumoral como: auto-suficiência de fatores de crescimento: potencial ilimitado de replicação; resistência à apoptose; insensibilidade à sinais de parada do crescimento: invasividade; potencial metastático aumentado; indução da formação de novos vasos; e alterações no metabolismo celular. Também serão apresentados os avanços recentes nos estudos de oncogenes; genes supressores de tumor; transição epitélio-mesenquimal; imunologia tumoral e micro-ambiente tumoral. Os alunos deverão apresentar seminários sobre os temas do curso e participar como tutores de alunos de graduação estudando os mesmos assuntos.

Bioestatistica - 90 horas
Gilberto Weissmuller

Introdução. Dados biológicos. Levantamento de dados e técnicas de amostragem. Estatística descritiva. Noções de probabilidade.  Distribuição normal. Estatística inferencial. Teste do Qui-quadrado (x2). Distribuição do t-Student. Análises de Variância: conceituação básica. Testes não paramétricos. Análise de regressão e correlação.

Bioética, Biossegurança e boas práticas com animais em experimentação - 30 horas
Marcelo Marcos Morales

            Bioética: Histórico das diretrizes de ética internacional e nacional. Conceitos gerais de ética, ética em pesquisa com uso de animais.

            Biossegurança: Conceitos, histórico e situação da biossegurança no Brasil. Classes de risco dos organismos biológicos; níveis de biossegurança. Equipamentos de proteção individual e coletivo. Boas práticas de laboratório. Risco químico. Risco radioativo. Padrão de procedimentos operacionais. Mapa de risco. Desinfecção e esterilização. Plano de gerenciamento de descarte de resíducos. Plano de emergência de medidas de contigência. Prevenção de incêndio.

Biofisica Especial I - 15 horas
Coordenação de PG

.Ementa

Biofisica Especial II - 30 horas
Coordenação de PG

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Biofisica Especial III - 45 horas
Coordenação de PG

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Biofisica Especial V - 75 horas
Coordenação de PG

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Biofisica Especial VI - 90 horas
Coordenação de PG

Ementa

Biologia Celular da Apoptose e da Inflamação - 30 horas
Célio Geraldo Freire de Lima

O curso abordará aspectos avançados sobre a resposta inflamatória e sua regulação pelo envolvimento de células apoptóticas. Serão abordados especialmente, os pontos relacionados à ativação de fatores de transcrição, interação celular, receptores  envolvidos no reconhecimento e captura de células apoptóticas, produção de mediadores químicos com ações pró-e anti-inflamatórias (citocinas e eiosanoides) e regulação da resposta imune inata e adaptativa. Objetiva-se que, ao término do curso, os alunos sejam capazes de formar conhecimento a cerca dos mecanismos envolvidos na resposta inflamatória, incluindo principalmente, a participação de produtos provenientes  desta resposta. O curso abordará aulas expositivas e discussão de artigos científicos. A avaliação será feita pela apresentação de seminários pelos alunos. É centrado na apresentação e discussão de artigos científicos que descrevem um tópico atual e relevante nas áreas de inflamação e/ou apoptose. O assunto a ser discutido pode variar cada vez que o curso é oferecido, objetivando assim, a apresentação de novos conceitos e/ou novos fenômenos na área.

Biologia de Flavivirus I - 45 horas
Ronaldo da Silva Mohana Borges

Colaboradores: Clarissa Rosa de Almeida Damaso; Amilcar Tanuri; Luciana de Almeida Hinds; Davis Fernandes Ferreira; Iranaia Miranda; Marcelo Torres Bozza; Marcos Sorgine.

Aspectos gerais das flaviviroses; epidemiologia; estrutura viral; replicação e montagem; conceitos moleculares e estruturais das proteínas dos flavivírus; imunidade inata e infecção por flavivírus; resposta do hospedeiro durante infecção; diagnóstico; vacinas anti-flavivírus; interação vetor-vírus; vetores de flavivírus e estratégia para seu controle.

Biologia de Flavivirus II - 45 horas
Ronaldo da Silva Mohana Borges

Profs. Colaboradores: Clarissa Rosa de Almeida Damaso; Amilcar Tanuri; Luciana Hinds; Davis Fernandes Ferreira; Iranaia Miranda; Marcelo Torres Bozza; Marcos Sorgine

Curso experimental; titulação viral; cultivo de célula e infecção por dengue; PRNT; ensaio de atividade enzimática da NS3; diagnóstico sorológico; diagnóstico molecular por PCR em tempo real.

Biologia de Fungos - 75 horas
Sonia Rozental

Aulas teóricas, palestras e seminários sobre aspectos básicos da biologia de fungos, abordando os seguintes temas: taxonomia, dimorfismo, componentes de superfície celular, ultraestrutura,ação de antifúngicos, interação com a célula hospedeira e mecanismos de escape.     

Biologia de Protozoários - 90 horas
Rossiane Claudia Vommaro

Aulas teóricas, práticas e seminários sobre os seguintes protozoários: Trypanosoma cruzi, Leishmania, Trypanosoma brucei, Toxoplasma gondii, Plasmodium, Trichomonas vaginalis, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica. Aspectos biológicos, interação com a célula hospedeira e mecanismos de escape.

Biologia Molecular I - 60 horas
Turan Peter Urmenyi

Profs. colaboradores: Docentes do Programa

DNA; recombinação gênica; RNA; biossíntese de proteínas; regulação da expressão gênica em bactérias; o cromossomo eucariótico; organização gênica; regulação da expressão gênica em eucariotos e modelos e mecanismos de enovelamento proteico e transporte de proteínas na célula modulados por chaperoninas.

Biologia Molecular II - 45 horas
Rosane Silva

Seminários de discussão de artigos científicos e revisões sobre tópicos específicos de mecanismos moleculares. Os alunos deverão apresentar discutir e criticar os artigos em profundidade conceitual e metodológica. Cada aluno deverá apresentar ao final do curso um pequeno projeto de pesquisa, de sua escolha, fundamentado em problemática em aberto na literatura.

Células Tronco - 45 horas
Rosália Mendez Otero

Curso teórico baseado na apresentação e discussão de artigos recentes sobre o assunto. Eventuais demonstrações de técnicas e experimentos nos laboratórios do IBCCF.

Cintilação líquida, espectroscopia gama e proteção radiológica - 45 horas
Jean Remy Davée Guimarães

Fundamentos teóricos, meios cintiladores, detetores, extinção, análise de espectros simples e compostos, identificação e quantificação de isótopos em mistura, tratamento de dados e apresentação de resultados. Estatística de contagens. Princípios básicos de Proteção Radiológica na manipulação de isótopos radioativos.

Citocinas e Neuroimunomodulação - 60 horas
Alfred Sholl Franco

Noções gerais de Neuroimunomodulação focalizando na relação existente entre a neuropoese, hematopoese e o papel das citocinas nestes processos. Barreira hemato-encefálica e células imunocompetentes no sistema nervoso central. Citocinas: histórico, nomenclatura, sistemas de classificação e a caracterização estrutural e funcional das famílias de citocinas. Classes de receptores para citocinas: vias de sinalização ativadas e papéis funcionais. Citocinas e o desenvolvimento do sistema nervoso. Inflamação e regulação imune no sistema nervoso. Ação de citocinas durante lesões do sistema nervoso e processos neurodegenerativos. Citocinas e autoimunidade: EAE e MS: erros e acertos. Terapias baseadas em citocinas no sistema nervoso.

Citotoxidade Mediada por Células - 60 horas
Pedro Muanis Persechini, Vivian Mary Barral Dodd Rumjanek

Parte teórica: caracterização de diversas sub-populações de células citolíticas com especial atenção aos linfócitos T e às células "Natural Killer"; mecanismos de reconhecimento e ligação alvo-efetor; moléculas envolvidas na citotoxicidade celular e seu mecanismo de ação; morte celular programada e apoptose; tópicos avançados em citotoxicidade e revisão da literatura recente. Parte prática: ensaios de citotoxicidade.

Desenvolvimento de Circuitos Neurais - 90 horas
Cecilia Hedin Pereira

Teoria da quimioafinidade. Cone de crescimento: estrutura e função. Colatralização como estratégia de direcionamento - Fasciculação seletiva no direcionamento. Colapso do cone de crescimento e fatores repulsivos. Fatores solúveis no direcionamento axonal. Fatores locais no direcionamento axonal. Receptores de membrana e sinalização intracelular (AMPc, cálcio, GMPc, fosfatases e quinases, etc) regulando direcionamento axonal. Integração de sinais moleculares pelo cone de crescimento. Arborização axonal.

Dez Livros Para Ler Antes do PhD - 60 horas
Mauro de Freitas Rebelo

Profs. Colaboradores: João Paulo Machado Torres e Milton Osório Moraes

História e filosofia da ciência, método científico. Biografias de pesquisadores famosos.

Ecotoxicologia Aquática - 30 horas
Valéria Freitas de Magalhães

Prof. Colaborador: Sandra Maria Feliciano de Oliveira e  Azevedo

Introdução a toxicologia: Definições poluentes e contaminantes e inter-relações dos contaminantes entre os diversos compartimentos do meio ambiente. Origem da contaminação ambiental. Destino dos contaminantes nos ecossistemas aquáticos e nos organismos. Tipos de produtos tóxicos: Xenobióticos e toxinas (com ênfase as cianotoxinas). Interação de poluentes ou biotoxinas com a biota: bioconcentração, biacumulação, biomagnificação, biotransformação, biodegradação, detoxificação e eliminação. Organismos como indicadores de qualidade ambiental: bioindicadores, biomoniotores e biom]arcadores. Classificação dos efeitos tóxicos. Vias de entrada de produtos tóxicos. Biomonitoramento. Testes de toxicidade com organismos aquáticos. Introdução a avaliação   de risco ecológico e para populações humanas.

Elementos Básicos de Programação Aplicados a Modelagem Molecular - 60 horas
Pedro Geraldo Pascutti

Introdução à programação. Técnicas básicas de programação. Estruturas básicas de dados. Tabelas em memória. Programação estruturada ou modular.

Eletricidade e Eletrônica Aplicadas a Biologia - 90 horas
Geraldo Antonio Guerrera Cidade

Eletricidade básica: introdução, circuitos com elementos dissipativos, circuitos com elementos armazenadores de energia, circuitos RC e RL com excitação senoidal, circuitos RLC com excitação senoidal. Medidas elétricas: introdução às técnicas analógicas, instrumentos para medida de voltagem e corrente, métodos para medida de impedância.

Escola de Altos Estudos em Protistas - 75 horas
Narcisa Leal da Cunha e Silva

Ementa

Espectroscopia de Absorção Atômica: Princípios e uso ecotoxicológico da técnica - 60 horas
Paulo Renato Dorneles

Histórico e fundamentos da espectrometria de absorção atômica (AAS);  as técnicas de atomização (FAAS, HGAAS, CVAAS, GFAAS); garantia de  qualidade / controle de qualidade na determinação de elementos-traço;  cuidados na coleta e armazenagem de amostras; limites de detecção;  curvas de calibração; adição de analito; soluções-branco;  interferências espectrais e não espectrais; corretores de fundo  (contínuo; Zeeman); material certificado de referência (CRM) e padrão  interno; informações ecotoxicológicas obtidas por AAS (a determinação  de elementos-traço como ferramenta auxiliar em estudos de ecologia  alimentar); o uso da AAS para avaliação da exposição de organismos a  compostos organometálicos

Ética e Integridade na Pesquisa Científica e Tecnológica - 45 horas
Adalberto Ramon Vieyra

ementa

Evolução do Sistema Imunitário - 30 horas
André Macedo Vale

Prof. Colaborador: Juliana Echevarria Lima

Ementa:

Expressão Gênica e Metagenômica - 120 horas
Débora Souza Faffe, Rosane Silva, Turan Peter Urmenyi

1- Genômica e Metagenômica. Padrões globais de expressão gênica: Transcriptômica e Proteômica. Aplicações de Bioinformática: Manipulação computacional de seqüências gênicas, análise filogenética. 

2- Mecanismos de regulação gênica. Estudo de sequências reguladoras por ensaio de transfecção com gene repórter. Ensaios quantitativos de expressão de mRNAs especifícos por RT-PCR em tempo real.

Expressão Gênica em Bactérias - 30 horas
Ana Beatriz Furlanetto Pacheco

Prof. Colaborador: Wanda M. A. von Krüger
Ementa:

Filosofia e História da Ciência - 15 horas
Maria Cristina Machado Motta

Neste curso, nós empregaremos a perspectiva metodológica defendida pelos Science Studies, “Estudos Sociais de Ciência e Tecnologia”.  O que é história da ciência? (as relações da história da ciência com a história); O que é filosofia da ciência? (as relações da filosofia da ciência com a filosofia); A pergunta: “o que é a ciência?”; O que são os Science Studies? Por que investigar a ciência a partir das perspectivas da filosofia e da história? (Augusto, Fernando & Cristina). Uma breve história da filosofia da ciência (I): a profissionalização do cientista no século XIX – os dilemas da profissionalização da atividade de pesquisa; a produção filosófica dos cientistas; um estudo de caso: os físicos na passagem do século XIX para o século XX. (Augusto, Leonardo & Cristina). Uma breve história da filosofia da ciência (II) - A filosofia da ciência no século XX: o exemplo de Kuhn no quinquagésimo aniversário da publicação da Estrutura das Revoluções Científicas (André & Cristina). Science studies, prática científica, controvérsias científicas: o início da física moderna no Brasil (Augusto,  André & Cristina). A questão do ethos na ciência - dois exemplos: Ciência pós-acadêmica e o sistema biomédico de investigação (Verusca & Cristina). Objetividade e verdade: virtudes epistêmicas ou critérios epistemológicos? (Fernando, Augusto, Cristina & Priscila). Ciência, Técnica e Metafísica – Heidegger, Heisenberg, Discussão geral (Fernando, Juliana, Cristina & Augusto)

Fundamentos Biofísicos no estudo de Macromoléculas - 45 horas
Jennifer Lowe

Ementa

Fundamentos de Biologia Celular - 90 horas
Narcisa Leal da Cunha e Silva

Membranas biológicas: estrutura e composição; fluidez de membranas; transporte através de membranas; receptores; sinalização celular; junções intercelulares; matriz extracelular; citoesqueleto; mitocondria; cloroplasto; peroxisomo; retículo endoplasmático; complexo Golgi;  endocitose, núcleo interfásico, divisão celular e controle do ciclo celular.

Fundamentos de Bioquimica - 45 horas
José Osvaldo Previato, Lucia Mendonça Previato, Mauro Sola-Penna

Organização celular, metabolismo celular, metabolismo de carboidratos, metabolismo de lipídeos, metabolismo de proteínas, função hormonal, biossíntese proteica, biossíntese lipidica, biossíntese de carboidratos complexos, biossintese de glicoconjugados, integração metabólica.

Fundamentos de Glicobiologia - 90 horas
José Osvaldo Previato, Lucia Mendonça Previato

Noções sobre a glicobiologia estrutural e funcional, abrangendo os seguintes temas:

1) Introdução: carboidratos complexos (nomenclatura, estrutura e metabolismo);

2) Glicoproteínas: isolamento e caracterização; ligação carboidrato-proteína; biossíntese; 3) Glicolipídeos: classificação, isolamento e caracterização, biossíntese; 4) Glicomoléculas contendo ácido siálico: estrutura e função; 5) Carboidratos como determinantes de especificidade biológica; 6) Uma semana de aulas práticas.

Fundamentos em Microscopia Confocal - 45 horas
Marcelo Felippe Santiago

Ementa

Imunobiofísica - 60 horas
Pedro Muanis Persechini

Parte teórica: conceitos básicos de imunologia celular; conceitos básicos de canais iônicos, receptores e transdução de sinal; canais iônicos de linfócitos, fagócitos mononucleares e outros leucócitos; o papel fisiológico destes canais; transporte e controle das concentrações iônicas e de pH em leucócitos; proteínas formadoras de poro no sistema imune; receptores de nucleotídeos (P2) e seu papel no sistema imune. Tópicos avançados em imunobiofísica e revisão da literatura recente.

Parte prática: detecção de correntes iônicas em células do sistema imunológico.

Imunologia - 90 horas
Bruno Lourenço Diaz, Robson Coutinho Silva

Fisiologia do sistema imune. Bases moleculares do sistema imunológico. Ativação e função linfocitária. Imunidade celular. Tolerância imunológica. Mecanismos imunológicos em processos patológicos. Autoimunidade. Alergia e inflamação. Mecanismos imunológicos de defesa à doenças infecciosas e vacinação, influenza (vírus), tuberculose/lepra (mycobacteria). Imunologia do câncer e imunoterapia.

Imunologia das Mucosas - 30 horas
Bartira Rossi Bergmann

Anatomia das mucosas e sistemas linfóides associados. Integração do sistema imune de mucosas, IgA secretória e outras moléculas efetoras. Captação e apresentação de antígenos. Migração de linfócitos T. Tolerância x imunidade ativa. Infecções e vacinas.

Informação Científica - 15 horas
Marcos Farina de Souza

Ementa

Instrumentação Bioeletrônica - 90 horas
Geraldo Antonio Guerrera Cidade

Definições de: mensurando, propriedade e variável, faixa de magnitude e polaridade, taxa de variação, acesso e ruído; métodos de medição; características gerais dos sistemas de medição. Elementos de transdução; características estáticas e dinâmicas dos transdutores; os bioeletrodos e sua geometria; microeletrodos. Pré-amplificadores: ganho, banda passante, produto ganho banda passante, resposta transiente e tempo de subida; amplificadores operacionais; amplificadores de instrumentação; filtros; eletrômetros; realimentação. Registradores de carta do tipo: potenciométrico, galvanométrico, X-Y, polígrafo; gravação em fita magnética - princípio de funcionamento do processo de gravação, modems, video-cassete; osciloscópios; conversores AD/DA. Interferências EMI; caracterização das fontes de EMI, e como evitá-las; aterramento; filtros.

Introdução a Bioinformática - 30 horas
Paulo Mascarello Bisch

Introdução sobre a utilização da Internet para pesquisas de bancos de dados genéticos. Análise de seqüências de DNA e de seqüências protéicas. Programas de busca por ohomologia (Blastin, Blastx); Alinhamento por similaridade de seqüências (Clustal) e definição de ORFs (Orfinder). Program a de buscas múltiplas por similaridade (Blastif), Programa de buscas por motivos protéicos (INterpro) e outros programas modelagem e sites de busca na internt (Embos, swiss modler,primers)

Introdução a Ressonância Magnética Nuclear de Imagem - 30 horas
Ronaldo da Silva Mohana Borges

Ementa

Introdução à Ressonância Magnética Nuclear Multidisciplinar de macromoléculas - 75 horas
Ronaldo da Silva Mohana Borges

Introdução à técnica de RMN aplicada à imagem, aplicações clínicas das sequências de pulso de RMN, aplicações clínicas das sequências de pulso de RMN; artefatos que influenciam a imagem de RMN; fundamentos de imagem avançada em RMN, considerações sobre bioefeito e segurança da RMN; meios de contraste em RMN.

INTRODUCTION TO NEXT GENERATION SEQUENCING (NGS) DATA ANALYSIS - 15 horas
Ana Paula Cabral de Araujo Lima

Ementa:

Leitura Crítica e redação científica - 30 horas
Marcela de Freitas Lopes

Análise de estrutura e conteúdo de artigos científicos de imunologia. Dicas de como escrever um artigo científico. Bases teóricas para a publicação científica (qualidade científica), bases para redação do texto científico. Após uma exposição de aproximadamente uma hora dos assuntos de interesse pela professora, será discutido um artigo científico com foco na forma e no conteúdo. Os alunos apresentarão os artigos e suas observações sobre forma e conteúdo, os outros alunos terão lido o artigo e discutirão com o docente.

Linfocitos T e Seu Hospedeiro - 30 horas
George Alexandre dos Reis

Curso centrado na apresentação e discussão de artigos recentes sobre um tema escolhido, atual, em imunorregulação por linfócitos T. Um novo tema é apresentado cada vez que o curso é oferecido, visando atualizar os alunos numa área de fronteira. 

Matemática I - 90 horas
Gilberto Weissmuller

Ementa

Mecanismo de Processamento Antigênico - 30 horas
Julio Scharfstein

Ementa

Mediadores Lipídicos em Inflamação e Câncer - 60 horas
Bruno Lourenço Diaz

Ementa
 

Membrana Plasmática e Sistemas de Sinalização Celular - 45 horas
Marcelo Einicker Lamas

Prof. Responsável: Marcelo Einicker Lamas

Carga horária: 45 horas

(a) Histórico sobre Membrana Plasmática: Composição química, funções, propriedades, os diferentes modelos propostos, a membrana plasmática como ponto de partida de vias de sinalização celular, microdomínios regulatórios (rafts). (b) Receptores de membrana: estrutura, função, classes. Será dada ênfase aos receptores acoplados a proteínas Gs e receptores com atividade tirosina cinase. Localização de receptores em microdomínios regulatórios (ativação ou desativação). (c) Moléculas sinalizadoras e segundos mensageiros: natureza (hidrofílicos e hidrofóbicos), geração de moléculas sinalizadoras, lipídeos de membrana como fontes de moléculas sinalizadoras, terminação de sinal.

Métodos de Análise Proteômica - 90 horas
Paulo Mascarello Bisch

Ementa

Métodos de Física Molecular e Espectroscopia - 120 horas
Paulo Mascarello Bisch

Ementa

Micropoluentes Orgânicos - 30 horas
João Paulo Machado Torres

Ementa

Microscopia de Força Atômica - 45 horas
Gilberto Weissmuller

Princípios físicos envolvidos nas diversas microscopias. Princípios físicos envolvidos na microscopia de força atômica. Progressos alcançados nos últimos anos. Funcionamento dos componentes do microscópio. Eletrônica de detecção de sinal. Scanner. Software de controle. Acoplamento de microscópio ótica ao AFM. Modos de scanning. Error mode. Contact mode. Tapping mode. Análise de imagens. Imagens digitais. Brilho e contraste. Análise de fourier. Filtros. Medidas de força. Espectroscopia de força. Medidas de viscoelasticidade. Force-mapping.

Microscopia Eletrônica de Transmissão - 60 horas
Kildare Rocha de Miranda

Princípios de funcionamento do microscópio eletrônico de transmissão. Processamento de amostras; fixadores, tampões, desidratação, emblocamento, ultramicrotomia, contrastação positiva. Citoquímica de enzimas, citoquímicas de carbioidratos. Imunocitoquímica, reconstrução 3D, tomografia, criotécnicas.

Microscopia Eletronica de Varredura - 30 horas
Marcia Attias

Princípios de funcionamento do microscópio de varredura. Formação da imagem. Processamento de amostras, fixação química, desidratação, secagem e metalização. Métodos especiais, biossegurança.

Microscopia Óptica - 30 horas
Marcos Farina de Souza

Teórica: difração, figura de Airy, resolução, formação da imagem, olho, lupa, microscópio, iluminação de Kohler, objetivas, oculares, condensadores, fontes luminosas, filtros, fotografia em microscopia óptica, contraste de fase, polarização  e contraste interferência e fluorescência.
Prática: uso correto de microscópio, Kohler, diafragmas de campo e de abertura, imersão, fotomicrografia,  micrometria, fluoromicroscopia e polarização. Video microscopia e processamento de imagens.

Modelagem e Dinâmica de Biomoléculas - 90 horas
Paulo Mascarello Bisch, Pedro Geraldo Pascutti

Introdução à Estrutura e dinâmica de macromoléculas biológicas. Aspectos estruturais de proteínas. Ácidos nucléicos e açucares. Confromação de proteínas. Restrições inerentes ã cadeia polipeptídica. Estruturas secundárias: hélices-a, folhas-b e estruturas terciária. Pontes de hidrogênio, hidrofobicidade, cargas e efeitos de solvente. Funções potenciais para interações intra e inter-moleculares. Bases teóricas. Forma de funções potenciais. Potenciais harmônicos optencial torcional. Interação de Van der Waals. Interação eletrostática. Métiodos para otimização de gemotria. Minimização de energia. Algoritmo steepest descents. Algoritmo dos gradientes conjugados. Métodos para simulação de dinâmica. Equações de movimento para sistemas atômicos. Algoritmo de Verlet. Algoritmo Leapfrog. Simulação explícita do solvente. Condições periódicas de contorno. Condições de contorno estocásticas. Dinâmica de proteínas. Movimentos em curta escala de tempo. Dinâmica atômica e de cadeias laterais. Movimentos em larga escala de tempo. Transições estruturais locais. Mudanças estruturais globais. Análise de modos normais de vibração. Influência do solvente. Dinâmica da associação molecular. Métodos termodinâmicos e estatísticos. Cálculo da variação  da energia livre. Teoria da perturbação termodinâmica. Método de Monte Carlo. Generalized Simulated Annealing.

Modificação Pós-Traducional - 45 horas
Wagner Barbosa Dias

Modificação pós-traducional (MPT) é qualquer modificação química que ocorre na proteína após sua tradução. Apesar do projeto genoma humano ter revelado a presença de apenas 25.000 genes, estudos atuais acreditam que o número de diferentes proteínas encontradas no nosso organismo passe facilmente de 1.000.000 em virtude das MPTs. Em adição, já se sabe que essas MPTs governam o tráfego, degradação, atividade e função molecular. Essa disciplina abrange as principais modificações pós-traducionais, focalizando principalmente nos diferentes tipos de glicosilação, fosforilação, ubiquitinação, âncora GPI e proteólise. Os alunos terão que apresentar um seminário mostrando a importância da MOT abordada no estudo e entregar um estudo dirigido conceituando brevemente a MPT escolhida.

Neuroeducação - 45 horas
Alfred Sholl Franco

Esta disciplina visa promover a interação entre os campos das neurociências e da educação e o desenvolvimento de atividades teórico-práticas voltadas para a relação ensino-aprendizagem nos diferentes níveis acadêmicos (básico e superior). Serão abordados os seguintes temas: filosofia do conhecimento, desenvolvimento do sistema nervoso, períodos críticos, corporeidade, sensações, movimento, funções superiores (atenção, motivação, percepção, aprendizado, memória, cognição, linguagem e inteligências), distúrbios da aprendizagem e comportamento, sono e aproveitamento acadêmico.

Neurotransmissores e Plasticidade Sináptica - 45 horas
Ricardo Augusto de Melo Reis

Introdução ao Curso: Neurônio e glia, SNP e SNC; Estrutura e Função SN; Sinalização Elétrica e Química; Propriedades e Características das Sinapses; Receptores Neurotransmissores; Respostas Comportamentais – dos canais iônicos às populações neuronais; Desenvolvimento do SNC: Papel de Neurotransmissores na Gênese, Proliferação e Migração Neuronal; Alterações biológicas e desordens; Fatores Tróficos e Apoptose, Transdução de Sinal. Sinalização e Respostas gênicas Plasticidade Neuronal:Módulos Cerebrais: localização e função; Períodos Críticos – O que nos faz humanos, Linguagem, Ritmos Biológicos e Genes; Neurotransmissores e Patologias Cerebrais Sinapse Colinérgica: Receptores Muscarínicos e Nicotínicos; Sinapse Neuromuscular como modelo; Terminal Pré- e Pós-Sináptico; Animais transgênicos e Knock-outs Sinapse Glutamatérgica Excitabilidade; despolarização, Receptores e Sinalização, Animais knockout e transgênicos; Memória e Aprendizagem, LTP e LTD, Excitotoxicidade Neuronal.; Alzheimer, Esclerose, Isquemia Sinapse Gabaérgica Inibição e Depressão; Receptores e Sinalização Gabaérgica, Animais knockout e transgênicos; Alcoolismo, Ansiedade e Epilepsia Sinapse Serotoninérgica, modulações Comportamentais, Receptores e Sinalização, Diversidade de Respostas Ansiedade e Depressão, Alucinação; Ações hipotalâmicas e mesencefálicas no controle da fome (Obesidade) e do Sexo (Compulsão) Sinapse Catecolaminérgica, Vias dopaminérgicas, noradrenérgicas e Adrenérgicas: receptores e sinalização. Dependência de drogas e a cocaína, Sistemas de motivação e recompensa, Parkinson e os gânglios da base Sinapses Peptidérgicas: tipos e Propriedades; Alças regulatórias Neurotransmissores não convencionais: Gases, metais e lipídeos. Outras Sinapses: gases,  metais e lipídeos como neurotransmissores e  neuromoduladores. Sistema Límbico e o cérebro emocional, Amigdala, Hipocampo, Hipotálamo e o SNA, Memória explícita e implícita, Emoção, Cognição e Comportamento, Psicologia evolutiva, Plasticidade Cerebral, Considerações Finais.

O Nascimento do Pensamento Ocidental - 30 horas
Maria Cristina Machado Motta

O Espanto como princípio da filosofia. As questões de criança e as grandes áreas da filosofia. Linha cronológica dos principais pensadores; 2) Hesíodo, A Teogonia e as primeiras cosmologias míticas. 3) O mundo Mítico: Homero, Ilíada. O Herói, a Honra e a cultura da Vergonha. Arete, excelência, Hybris, desmedida. Os deuses humanos e os homens divinos; 4) O mundo Mítico: Homero, Odisséia. O nostos (retorno) do Herói, o mundo dos mortos, a alma e a questão do sujeito da Grécia arcaica; 5) Os primeiros filósofos, chamados pré-socráticos: Tales, Anaxímenes, Anaximandro (os jônicos), Leucipo e Demócrito (os atomistas). Os elementos, “Tudo é um”, Substância e a interpretação de Aristóteles; 6) Os Eleatas: Pitágoras e os números. Parmênides e o radicalismo do monismo eleata. Zenão e Melisso. Heráclito e o mobilismo. 7) Sócrates, os sofistas e a arte do bem falar da Ágora: Górgias e Protágoras. 8) Platão e os diálogos. Os diálogos iniciais e as aporias. Os diálogos da maturidade, a República e as três imagens centrais: o sol, a linha dividida e a caverna. 9) Aristóteles e a metafísica da Substância (ousia). As quatro causas, Ato e potência.

Oficina de Escrita Criativa em Ciência - 30 horas
Mauro de Freitas Rebelo

Discutir problemas de escrita como imitação, cópia, tédio, criatividade, técnica, medo, inovação, critério e preguiça. Elementos de linguagem, teoria da narrativa e mídias. Método científico e divulgação científica, e outros elementos que favoreçam os alunos na hora de produzir uma monografia, dissertação, tese ou artigo científico.

Orientação de Alunos de I.C. - 30 horas
Coordenação de PG

Determinação de objetivos educacionais, desenvolvimento de performance mínima aceitável, estratégia educacional, planejamento curricular, tática educacional. Métodos e  técnicas de instrução, construção e testes de avaliação, interpretação de resultados de testes de avaliação, planejamento de pesquisas educacionais.

Pense e Dance: A Filosofia do Desenho Experimental - 60 horas
Mauro de Freitas Rebelo

Lógica dedutiva e indutiva, método científico, hipótese nula, medidas de tendência central e dispersão, probabilidade e testes de hipótese, conceitos de resolução e número amostral, criatividade, desenho experimental.

Pesquisa de Dissertação - 0 horas
Orientador(a)

Estágio no laboratório para a realização da parte experimental da dissertação de mestrado.

Processamento e Análise de Imagens Biológicas e Biomédicas - 90 horas
Geraldo Antonio Guerrera Cidade

Conceitos e características de uma imagem digital, apresentar ferramentas comumente empregadas em restauração e processamento de imagens, bem como permitir que o aluno desenvolva seus próprios aplicativos em linguagem C, adequando suas necessidades.

Projeto de Tese Doutorado - 15 horas
Orientador(a)

Ementa:

Projetos Genoma - 75 horas
Rosane Silva

Ementa:

Propriedade Intelectual - Guia Prático de Busca de Anterioridade, Redação de Patente e seu Depósito - 15 horas
Eleonora Kurtenbach

Ementa:

Proteases: Estrutura, Regulação e Função Biológica - 30 horas
Julio Scharfstein

Ementa:

Radio e Fotobiologia - 90 horas
Alvaro Augusto Costa Leitão

Profs. Colaboradores:  Claudia de Alencar Santos Lage e Januário Bispo Cabral Neto

Interação das radiações com a matéria. Origem das lesões induzidas pelas radiações e pelos agentes químicos. Radioquímica e fotoquímica de ácidos nucléicos. Medidas da inativação em diferentes níveis de organização biológica. Fatores que modificam a sensibilidade às radiações ionizantes. Mecanismos celulares de reparação. Efeitos somáticos das radiações ionizantes e não ionizantes.

Relações Gene-ambiente - 60 horas
Mauro de Freitas Rebelo

Prof. Responsável:  Mauro de  Freitas Rebelo

Carga Horária: 60 horas.

Mecanismos moleculares de resposta ao estresse ambiental. Contaminação ambiental e outros tipos de estresse. Papel do pool gênico nos mecanismos de adaptação e resposta ao estresse ambiental. Principais sistemas bioquímicos e moleculares de resposta ao estresse. Técnicas de avaliação e quantificação da resposta ao estresse.

Seminário de Imunofisiologia - 30 horas
Robson Coutinho Silva

Ementa:

Seminários Ciano-Ecotoxinas - 30 horas
Valéria Freitas de Magalhães

Ementa:

Seminários de Biologia Celular - 30 horas
Wanderley de Souza

Ementa:

Seminários de Glicobiologia - 30 horas
Wagner Barbosa Dias

Ementa:

Seminários de Imunoparasitologia - 30 horas
Cerli Rocha Gattass

Ementa:

Seminários de Imunoprotozoologia - 30 horas
Bartira Rossi Bergmann

Ementa:

Seminários de Micologia - 30 horas
Sonia Rozental

Ementa:

Seminários de Protozoologia - 30 horas
Técia Maria Ulisses de Carvalho

Ementa:

Seminários em Biofísica Ambiental - 30 horas
João Paulo Machado Torres

Ementa:

Seminários em Biologia e Bioquimica de Insetos - 30 horas
Ednildo de Alcântara Machado

Ementa:

Seminários em Biologia Imunitária - 30 horas
Marcela de Freitas Lopes

Ementa:

Seminários em Rádio e Fotobiologia - 30 horas
Alvaro Augusto Costa Leitão

Ementa:

Seminários sobre Estrutura e Função de Proteases - 30 horas
Julio Scharfstein

Ementa:

Técnicas de espalhamento de luz - 30 horas
Susana Frases Carvajal

Professor Colaborador : Radames J. B Cordero

Aulas teóricas e discussão de trabalhos abordando: conceitos teóricos sobre os princípios do espalhamento de luz. Bases teóricas das técnicas de espalhamento de luz dinâmico e estático. Conceitos teóricos do potencial Zeta. Preparação de amostras. Aplicações das técnicas de espalhamento de luz na Nanotecnologia, Biologia e Biomedicina. Lipossomos: Estudos de caracterização e estabilidade. Caracterização de anticorpos: Estudos de interações Antígeno-Anticorpo. Caracterização de nanocristais de celulose formados a partir de papel reciclado. Aplicação na indústria cosmética e farmacêutica. Caracterização de ouro coloidal. Caracterização de moléculas de DNA. Caracterização de proteínas: Determinação de pontos isoelétricos, predição das constantes de equilíbrio.Caracterização de polímeros. Caracterização dos polissacarídeos capsulares de Cryptococcus neoformans e C. gattii.

Temas atuais na Imunidade Inata - 30 horas
Robson Coutinho Silva

Prof. Colaborador: David M. Ojcius

Ementa

Tópicos Avançados em Biologia Estrutural - 30 horas
Ronaldo da Silva Mohana Borges

Ementa:

Tópicos avançados em desenvolvimento Tumoral do Sistema Nervoso Central - 30 horas
Rodrigo Alves Portela Martins

Ementa:

Tópicos Avançados em Dinâmica Molecular - 60 horas
Pedro Geraldo Pascutti

Ementa:

Tópicos Avançados em Microscopia de Força Atômica - 75 horas
Gilberto Weissmuller

Ementa:

Tópicos especiais em Biofísica Ambiental: Aspectos Evolutivos e Moleculares de cianobactérias - 30 horas
Sandra M.F. de Oliveira e Azevedo

Prof. Colaborador : Ana Beatriz F. Pacheco, Rosane Silva e Brett Neilan (The New South Wales University – Australia)

Ementa:

Tópicos Especiais em Biofisica I - 15 horas
Coordenação de PG

Ementa:

Tópicos Especiais em Biofisica II - 30 horas
Coordenação de PG

Ementa:

Tráfego Intracelular de Vesiculas - 45 horas
Narcisa Leal da Cunha e Silva

Ementa:

Virologia sem mistérios - 60 horas
Clarissa Rosa de Almeida Damaso

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Workshop de Biologia Molecular de Vírus - 120 horas
Clarissa Rosa de Almeida Damaso

Ementa: