EMENTAS - CICLO DE ESPECIALIZAÇÃO (OPTATIVAS)

O aluno deverá selecionar, em conjunto com o orientador, 90 horas de disciplinas optativas para complementar a sua formação.  

MPT 712 - MÉTODOS DE ESPECTROMETRIA DE MASSAS


Carga horária: 30 h  Prof. Responsável: Paulo Mascarello Bisch Ementa: Teórica (1) Princípios do funcionamento dos espectrômetros de massas: Produção de íons: Desorpção por Laser assistida por uma Matriz (MALDI); Ionização por Eletron spray (ESI). Relação massa/carga; tempo de voo, separação de íons em um campo elétrico. Detecção dos íons. (2) Identificação de pequenas moléculas: Sensibilidade e acurácia. Fragmentação por um gás inerte. (3) Identificação de proteínas: Peso molecular total. Digestão proteolítica (Tripsina). Espectro de massas dos peptídeos resultantes da digestão. Fragmentação dos peptídeos. Experimentos massa-massa. (4) Separação e quantificação de proteínas: Amostras obtidas por eletroforese 1D e 2D e por cromatografia líquida. Detecção de mudanças pós-tradução. Quantificação da expressão proteica. Prática - Aquisição dos espectros de massas em equipamentos Maldi-Tof e ESI-q-Tof e uma introdução sobre a utilização de software para identificação de proteínas.  
Bibliografia:

 Paulo Mascarello Bisch, Genômica Funcional: Proteômica, Cap. 8 (pp. 139-162) do livro “Genômica”, Editora Atheneu, São Paulo, 2004 e artigos de revisão citados no capitulo.
 

MPT 713 - TÉCNICAS DE DETECÇÃO DE SUBSTÂNCIAS MUTAGÊNICAS E GENOTÓXICAS NO MEIO AMBIENTE


Carga horária: 30 h Prof. Responsável: Alvaro Augusto da Costa Leitão Ementa: Teoria: Sistemas de reparação induzidos em bactérias. O sistema SOS. Mecanismos de mutagênese. A indução lisogênica do fago lambda. Princípios do cromoteste. Práticas – Mutagênese – Teste de Ames (reversão do fenótipo histidina). Indução lisogênica - Indução do fago lambda em bactérias lisogênicas. Cromoteste – Indução de beta galactosidase em bactérias com a fusão lacZ no gene sulA. O agente genotóxico e mutagênico utilizado como controle será a 4-nitroquinoleína.  
Bibliografia:

 Maron, D.M. e Ames, B. Revised methods for Salmonella mutagenicity test.  Mutation Res. 113: 173215 (1983).

 Moreau, P. Bailone,A. e Devoret. R. Prophage   λ induction in  Escherichia coli  K12 envA uvrB: A highly sensitive test for potential carcinogens. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 73: 3700-3704 (1976).

 Quillardet, P. e Hofnung, M. The SOS Chromotest, a colorimetric bacterial assay for genotoxins: procedures. Mutation Res. 147: 65-78 (1985).  
 
MPT 714 - TÉCNICAS DE MICROSCOPIA ELETRÔNICA


Carga horária: 45 h Prof. Responsável: Marcia Attias, Kildare Rocha de Miranda, Rossiane Claudia Vommaro e Wanderley de Souza. Ementa: Princípios de funcionamento dos Microscópios eletrônicos de Varredura e de transmissão. Formação da imagem. Processamento de amostras para microscopia eletrônica de varredura e de transmissão. Criofratura.  Eletrontomografia, reconstrução 3-D, microanálise, princípios de citoquímica e imunocitoquímica, uso de traçadores, microscopia correlativa. Interpretação de imagens.  
Bibliografia:  

 Electron Microscopy: principles and techniques for biologists. John Bozzolla and Lonnie Russel. Ed. Jones and Bartlett

 Técnicas de Microscopia eletrônica Aplicadas às Ciências Biológicas. Editor Wanderley de Souza sob os auspícios da Sociedade Brasileira de Microscopia e Microanálise.

   
MPT 715 - INTRODUÇÃO ÀS TÉCNICAS DE RESSONÂNCIA MAGNÉTICA NUCLEAR MULTIDIMENSIONAL DE MACROMOLÉCULAS


Carga horária: 45 h Prof. Responsável: Ronaldo Mohana & Adriane Todeschini Ementa: Teórica: Princípios básicos clássicos de ressonância magnética nuclear (RMN). Descrição teórica de RMN. Sistemas multi-spins. RMN uni, bi e multidimensional. Relaxação e processos dinâmicos.; Aspectos experimentais de RMN. Experimentos de RMN heteronucleares. Assinalamento sequencial e cálculo de estrutura de macromoléculas (proteínas, DNA e carbohidratos). Prática – Visita ao CNRMN. Princípios básicos. O espectrômetro. Transformada de Fourier. RMN unidimensional. Sistema multispin. Técnicas de saturação de água. Prática: Preparando para aquisição, 1D 1H RMN e supressão de água. Experimentos de múltiplos-pulsos. RMN bidimensional. Discussão de artigos. Prática: Experimentos 2D e análise. Experimentos heteronucleares. Discussão de artigos. Experimentos usando shaped pulses (buscando seletividade e excitação). Estratégia de assinalamento.  
Bibliografia:  

 Jeremy N.S. Evans, Biomolecular Spectroscopy, Ed. Oxford University Press, 1995

 Frank J.M van de Ven, Multidimensional NMR in liquids, Ed. Wiley-CVH, 1995

 John Cavanagh, Protein NMR spectroscopy – Principles and Practice –, Ed. Academic Press, 1996

 
MPT 716 -  MÉTODOS DE IMAGEAMENTO EM ANIMAIS


Carga horária: 15 h Prof. Responsável: Alysson Roncally Carvalho Silva Ementa: Instrumentação e reconstrução de imagens aplicada a métodos de imageamento em animais. Tomografia Computadorizada por Raios X. Tomografia por Emissão de Pósitron (PET). Tomografia por Emissão Única de Fóton (SPECT). Bioluminescência e Imunoflorescência. Aquisição e processamento de imagens em animais. Tomografia Computadorizada por Raios X. Tomografia por Emissão de Pósitron (PET). Tomografia por Emissão Única de Fóton (SPECT). Bioluminescência e Imunoflorescência.  
Bibliografia:  

 Daniel Schuster and Timothy Blackwell. Molecular Imaging of the Lungs. Taylor & Francis, New York, 2005.

 David Lipson and Edwin van Beek. Functional Lung Imaging. Taylor & Francis, New York, 2007.  
 
MPT 717 - ENSAIO COMETA (DETECÇÃO DE QUEBRAS NO DNA CELULAR)


Carga horária: 30 h Prof. Responsável: Alvaro Leitão  Ementa: Teórica: Genotoxicidade e mutagenicidade. Classes de agentes que danificam a molécula de DNA (agentes alquilantes, agentes oxidativos e outros). Tipos de lesões no DNA (adutos, quebras simples, quebras duplas, sítios apurínicos e apirimidínicos). Eletroforese em gel de agarose. Tipos de migração (tipos de cometa – relação entre a genotoxicidade do agente e o tamanho da cauda). Importância e campo de aplicação. Princípio do ensaio (ilustração da técnica), Interpretação dos resultados. Prática: Avaliação dos danos produzidos pelo peróxido de hidrogênio em células de sangue total humano. Preparo do protocolo e das lâminas, preparação das soluções e das células, realização do experimento, avaliação microscópica, análise e expressão dos resultados.  
Bibliografia:

 Møller, P. (2006) Assessment of reference values for DNA damage detected by the comet assay in human blood cell DNA. Mutat. Res., 612:84-104.

 Singh, N.P., McCoy, M.T., Tice, R.R. and Schneider, E.L. (1988) A simple technique for quantification of low levels of DNA damage in individual cells. Exp. Cell. Res., 175:184-191.

 Tice, R.R., Agurell, E., Anderson, D., Burlinson, B., Hartmann, A., Kobayashi, H., Miyamae, Y., Rojas, E., Ryu, J.-C. and Sasaki, Y.F. (2000) Single cell gel/comet assay: guidelines for in vitro and in vivo genetic toxicology testing. Environ. Mol. Mutag., 35:206-221.

 
MPT 718 -  TÉCNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR (CUIDADOS E PRECAUÇÕES)


Carga horária: 15 h Prof. Responsável: Marcelo Marcos Morales Ementa: Teórica: Conceitos básicos de biologia molecular. Cuidados técnicos para manipulação de ácidos nucléicos. Prática: Extração de RNA e DNA a partir de tecido e cultura de células. Adequação da extração comprovada por técnicas especificas. A discussão de todo material e soluções a serem utilizadas na metodologia.   
Bibliografia:

 Fisiologia:Margarida Melo Aires

 Molecular Biology of the Gene: Watson, Hopkins Roberts

 
MPT 719 - NOVAS FERRAMENTAS PARA O DIAGNÓSTICO DE DOENÇAS RENAIS


Carga horária: 45h Prof. Responsável: Jackson de Souza Menezes Ementa: Conceitos básicos de biologia molecular, biologia celular, hitologia, citologia, proteôma e tomografia. Desenvolvimento de novas metodologias para o diagnóstico de estágios iniciais de doenças renais agudas e crônicas. Estudo do tecido renal e urina. Desenvolvimento de novas estratégias para o diagnóstico precoce da doença renal e avanços no prognóstico do paciente.  
Bibliografia:

 Fisiologia. Margarida de Melo Aires. Guanabara Koogan

 Fisiologia Básica. Rui Curi e Joaquim Procópia. Guanabara Koogan

 Renal Physiology. Brenner e Rectors. Elsevier  
 
MPT 720 - MÉTODOS E APLICAÇÕES ATUAIS DA BIOLOGIA MOLECULAR NA PESQUISA, NA BIOTECNOLOGIA E NA CLÍNICA MÉDICA


Carga horária:  45 h Prof. Responsável: Rosane Silva & Turan Peter Urmenyi Ementa: Fundamentos da Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real e regular: Detecção e quantificação de sequências específicas de DNAs e RNAs (detecção de microrganismos em geral, carga viral, genotipagem). Detecção de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) em genomas de organismos procariotos, eucariotos e virais. Extração e purificação de ácidos nucléicos de organismos superiores e inferiores. Análise eletroforética de ácidos nucleicos.  
Bibliografia:

 Molecular Biology of the Cell Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter- New York and London:

 Molecular Cell Biology , Lodish, Harvey; Berk, Arnold; Zipursky, S. Lawrence; Matsudaira, Paul; Baltimore, David; Darnell, James E. New York

 
MPT 721 - TÉCNICAS DE EXPRESSÃO E PURIFICAÇÃO DE PROTEÍNAS RECOMBINANTES


Carga horária: 45 h Prof. Responsável: Ronaldo Mohana & Eleonora Kurtenbach Ementa: Teórica: Tipos de vetores de expressão; princípios de expressão de proteínas; otimização de expressão de proteínas recombinantes; métodos de escolha de cepas adequadas para cada tipo de expressão; conceitos teóricos das técnicas cromatográficas; tipos de métodos de acompanhamento de purificação; técnicas de análise de pureza e estabilidade da amostra; discussão de artigos científicos. Prática: acompanhamento de crescimento célular; métodos de lise; uso de cromatógrafo líquido; utilização de instrumentos para acompanhamento da pureza da  amostra; purificação de uma amostra padrão.  
Bibliografia:

 Protein Purification: Principles, High-Resolution Methods, and Application. Editores: Jan-Christer Janson, Lars Rydén; Wiley-VCH, 1998.

 Protein Purification: Principles and Practice. Autor: Robert K. Scopes; 3ª. Edição; Springer, 1994.

 Isolation and Purification of Proteins (Biotechnology and Bioprocessing). Editores: Rajni Hatti-Kaul e Bo Mattiasson; Marcel Dekker, Inc. 2003.

 
MPT 722 -  MÉTODOS DE TRANSGÊNESE DE PROTOZOÁRIOS


Carga horária: 15 h Prof. Responsável: Ana Paula Cabral de Araujo Lima Ementa: Noções básicas de biologia molecular de protozoários. Técnicas de clonagem de DNA. Cultivo de protozoários. Princípios gerais de transfecção e técnicas de transfecção.  Métodos de seleção de células transgênicas. Métodos de análise de populações transgênicas.   
Bibliografia:

 Molecular tools for analysis of gene function in parasitic microorganisms. Meissner M, Agop-Nersesian C, Sullivan WJ Jr. Appl Microbiol Biotechnol. 2007 75(5):963-75.

 Advancements in transfection technologies for Plasmodium. Balu B, Adams JH. Int J Parasitol. 2007 37(1):1-10. Review.

 Protozomics: trypanosomatid parasite genetics comes of age. Beverley SM. Nat Rev Genet. 2003 (1):11-9. Review.

 Genetic manipulation of kinetoplastida. Clayton CE. Parasitol Today. 1999 (9):372-8. Review.

 Protocols in Molecular Parasitology. Edited by John E. Hyde Published 1993 by Humana Press in Totowa, N.J

 Molecular Biology of Parasitic Protozoa (Frontiers in Molecular Biology) edited by Deborah F. Smith and Marilyn Parsons (1996) 

 
MPT 723 - MÉTODOS PARA ESTUDO DOS MECANISMOS DE SÍNTESE DE MEDIADORES LIPÍDICOS INFLAMATÓRIOS


Carga horária: 30 h Prof. Responsável: Christianne Bandeira de Melo Ementa: Vias de produção dos metabólitos do ácido araquidônico por leucócitos humanos e murinos; importância pato-fisiológicas destes mediadores lipídicos; aspectos regulatórios de sua síntese e descrição das técnicas para quantificação de eicosanóides e detecção dos compartimentos intracelulares de síntese. Aprendizado dos métodos de enumeração de corpúsculos lipídicos por microscopia, EicosaCell e EIA.  
Bibliografia:  

 EicosaCell - an immunofluorescent-based assay to localize newly synthesized eicosanoid lipid mediators at intracellular sites. Bandeira-Melo C, Weller PF, Bozza PT. Methods Mol Biol. 2011;689:163-81.

 Imaging lipid bodies within leukocytes with different light microscopy techniques. Melo RC, D'vila H, Bozza PT, Weller PF. Methods Mol Biol. 2011;689:149-61.  

 Leukocyte lipid bodies regulation and function: contribution to allergy and host defense. Bozza PT, Melo RC, Bandeira-Melo C. Pharmacol Ther. 2007 Jan;113(1):30-49. Review.

 
MPT 724 - TÉCNICAS EM AVALIAÇÃO HORMONAL


Carga horária: 15 h Prof. Responsável: Carmen Cabanelas Pazos de Moura & Tania Maria Ruffoni Ortiga Ementa: Quantificação hormonal por radioimunoensaio: principios gerais: obtenção do ligante marcado com 125I: técnicas de iodação e purificação; cuidados com manipulação do radioiodo; métodos de separação do complexo antígeno-anticorpo, sensibilidade, especificidade, precisão, conceitos e estratégias para melhorar estes parâmetros, expressão matemática dos resultados, validação dos ensaios.   
Bibliografia:

 An Introduction to radioimmunoassay and related techniques. T Chard. In  Burdon and Knippenberg, eds.,  Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, volume 6, part 2

 
MPT 725 - TÉCNICAS DE CULTIVO E FISIOLOGIA DE MICRORGANISMOS FOTOSSINTETIZANTES


Carga horária: 30 h Prof. Responsável: Sandra Azevedo Ementa: Metodologia de isolamento e cultivo de microalgas e cianobactérias; determinação de parâmetros indicadores de crescimento, fatores físicos e químicos que influenciam no crescimento. Fatores ambientais que influenciam no crescimento das espécies: 1- Nutrientes- aspectos bioquímicos; aspectos ecológicos; eutrofização. 2- Luz – fotossíntese e adaptações cromáticas; 3- Temperatura – influência no metabolismo. 4- pH e salinidade – aspectos ecofisiológicos. Síntese de carboidratos e proteínas, excreção de matéria orgânica; pigmentos fotossintetizantes e produção primária. Ecofisiologia: variação da concentração de carboidratos, proteínas e pigmentos durante o crescimento das espécies, correlações com as condições ambientais. Contagem de células e estabelecimento de curvas de crescimento, cálculo de taxas de crescimento.  
Bibliografia:

 Darley, W. M. – Algal Biology: a physiological approach. Blackwell Scientific Publications – 1982.

 Fogg, G.E.& Thake – Algal Cultures and Phytoplankton Ecology –The University of Wisconsin Press 1987.

 Borowitzka,M.A. & Borowitzka, L.J. Microalgal Biotechnology – Cambridge University Press –1988.

 Robert andersen – Algal Culturing Techniques – Academic Press - 2005 

 
 MPT 726 - TÉCNICAS BÁSICAS DE AQUISIÇÃO E PROCESSAMENTO DE IMAGENS DIGITAIS


Carga Horária: 30h Prof. Responsável: Kildare Rocha de Miranda, Marcia Attias & Rossiane Claudia Vommaro Ementa: Módulo I – Conceitos básicos: Unidades formadoras de imagens digitais (pixel/voxel). Qualidade da aquisição - conceitos de brilho e contraste, saturação e resolução da imagem digital. Formatos mais comuns de imagens digitais e critérios de escolha de cada um (tiff, jpeg, bmp). Imagens 2D e 3D. Módulo II – Aquisição de imagens digitais: Aquisição de imagens digitais em scanners – fotos, micrografias, negativos, géis. Aquisição de imagens digitais monocromáticas - câmeras em estereomicroscópios, microscópios de luz (contraste de fase, interferencial), microscópios eletrônicos. Aquisição de imagens digitais coloridas - câmeras em estereomicroscópios, microscópio de luz (microscopia de fluorescência). Módulo III – Processamento, quantificação e análise de imagens digitais: Correção de brilho e contraste, níveis, etc. Correção de sombreamento. Medidas básicas: Densidade, distâncias, ângulos, comprimentos, áreas, volumes centros de massa, fatores de forma, etc. Programas de análise de imagem pagos e freeware. Montagem de painéis, pranchas e figuras digitais – Escalas, numeração, setas, etc. Ética no processamento de imagens digitais – o que é atualmente permitido ou não em imagens científicas.  
Bibliografia:

 Processamento de imagens digitais. RICHARD E. WOODS, Editora Edgard Blücher

 
MPT 727 - MÉTODOS DE AVALIAÇÃO DE SUBSTÂNCIAS ANTIFÚNGICAS I


Carga horária:  30h Prof. Responsável: Sonia Rozental Ementa: Biologia celular de fungos, morfologia, mecanismo de ação de antifúngicos comerciais, métodos de cultivo de fungos (macroculitivo e microcultivo em lamina), preparo de meios e soluções, métodos de microdiluição em caldo para testes de susceptibilidade antifúngica, testes de tempo de morte e de combinação de drogas.  
Bibliografia:

 Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA; Microbiologia Medica, 5ª edição, 2006, Elsevier Ltda.

 Sidrim JJC, Rocha MFG; Micologia Médica a Luz de Autores Contemporâneos, 2004, Editora Guanabara Koogan.  

 Clinical and Laboratory Standards Institute Reference method for broth dilution antifungal susceptibility testing of yeasts. Approved standard CLSI document M27-A3, 2008, Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PA.

 Clinical and Laboratory Standards Institute Reference method for broth dilution antifungal susceptibility testing of filamentous fungi. Approved standard CLSI document M38-A2, 2008, Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PA.

 Artigos fornecidos durante o curso.  
 
MPT 728 – MÉTODOS DE AVALIAÇÃO DE SUBSTÂNCIAS ANTIFÚNGICAS II


Carga horária: 30h Prof. Responsável: Sonia Rozental Ementa: Biologia celular de fungos patogênicos, novos alvos para substâncias antifúngicas, métodos para avaliar alvos celulares da ação de substâncias antifúngicas, com enfoque para microscopia óptica, microscopia de fluorescência, microscopia eletrônica de transmissão e de varredura.  
Bibliografia:  

 Zaitz C, Rangel L, deSouza VM, Atlas de Micologia, 2ª edição, 2004, Guanabara Koogan.

 Anaissie EJ, McGinnis MR, Pfaller MA, Clinical Mycology, 2nd Edition , 2009, Elsevier Inc.

 Bozzola JJ, Russell LD; Electron Microscopy: Principles and Techniques for Biologists, 2nd Edition , 2006, Jones and Bartlett Publishers Inc.

 Artigos fornecidos durante o curso.

 
MPT 729 – FERRAMENTAS PARA O ESTUDO DE CAPTAÇÃO E LIBERAÇÃO DE NEUROTRANSMISSORES


Carga horária: 30h Prof. Responsável:  Ricardo Augusto de Melo Reis Ementa: Bioeletrogênese: Introdução ao funcionamento do sistema nervoso central, Membrana celular. Excitabilidade celular. Fluxos iônicos. Respostas elétricas. Potencial de ação. Propagação das correntes iônicas. Métodos eletrofisiológicos e aplicabilidade dos conceitos na saúde e em doenças relacionadas. Sinapse. Química e Elétrica: características e propriedades. Mecanismos de interrupção ou bloqueio da transmissão sináptica. Agonistas e antagonistas farmacológicos e o uso de toxinas. Integração sináptica. Prática: Captação e liberação de GABA – conceito de transportadores de GABA em neurônios e células da glia em cultura  
Bibliografia:

 Calaza KC, De Mello FG, Gardino PF. (2001) GABA release induced by aspartate-mediated activation of NMDA receptors is modulated by dopamine in a selective subpopulation of amacrine cells. J Neurocytol. 30, 181- 93.

 De Sampaio Schitine CS, KUBRUSLY RCC, DE MELO REIS RA, YAMASAKI EN, DE MELLO MC, DE Mello, FG (2007). [3H]GABA uptake by avian Müller retinal glia in culture. Neurotox. Res. 12, 1-9.

 DE MELO REIS, R. A. M.  ; VENTURA, ALM; SCHITINE, CS ; MELLO, MCF; MELLO, FG. Müller Glia as an Active Compartment Modulating Nervous Activity in the Vertebrate Retina: Neurotransmitters and Trophic Factors. Neurochem Res, v. 99, p. 1-10, 2008.  
 
MPT 730 - TÉCNICAS COMPUTACIONAIS EM BIOLOGIA MOLECULAR


Carga horária: 30h Prof. Responsável: Pedro Geraldo Pascutti Ementa: Introdução à montagem e manutenção de hardwares e redes locais. Introdução às técnicas de Bioinformática para construção de modelos moleculares. Uso de programas gráficos para visualização e análise estrutural de biomacromoléculas. Introdução aos cálculos de mecânica e dinâmica molecular. Animações de movimentos moleculares. Funções Potenciais para interações atômicas. Algoritmos para otimização estrutural por métodos gradientes e métodos estocásticos. Estrutura e estabilidade de macromoléculas. Parametrização de um Campo de Forças para Biomoléculas. Docking Molecular. Movimentos em curta e larga escala de tempo. Transições estruturais locais e globais. Análise de modos normais de vibração. Dinâmica da associação molecular. Métodos termodinâmicos e estatísticos. Cálculo da variação da energia livre. Aplicações no desenho racional de fármacos.  
Bibliografia:

 Morgon, N. & Coutinho, K., Métodos de Química Teórica e Modelagem Molecular. Editora Livraria da Física, São Paulo, 2007.  

 Frenkel D. & Smit B., Understanding Molecular Simulation – From Algorithms to Aplications, Academic Press, Londres, 2002

 Allen M. P. & Tildesley D. J., Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press, Oxford, 1987.

 Brooks III C. L., Karplus M., and Pettitt B. M., Proteins: A Theoretical Perspective of Dynamics, Structure, and Termodynamics, J. Wiley & Sons, N. Y., 1988.

 Gibas C. & Jambeck P., Developing Bioinformatics Computer Skills, O’Reilly & Associates Inc., Sebastopol, USA, 2001.

 Baxevanis A. D. & Ouellette B. F. F., Bioinformatics, John Wiley & Sons, New York, 2001.

    
MPT 731 – TÉCNICAS DE MICROSCOPIA DE FORÇA ATÔMICA


Carga horária: 45h  Prof. Responsável: Gilberto Weissmuller Ementa: Introdução: SPM (Scanning Probe Microscopy); Microscopia de Força Atômica (AFM): princípio de  operação, teoria, instrumentação e aplicações, incluindo as três modalidades: 1AFM por contato 2AFM por não contato 3AFM por contato intermitente; Microscopia de Força Lateral; Microscopia por Modulação de Força; Cantilever: propriedades, escolha, forma da ponta e resolução; Scanner: Projeto e operação, não linearidade (histerese, arrastamento, envelhecimento),correções por software e hardware, calibração; SPM como uma ferramenta de análise de superfície; Processamento de imagens: tratamentos estatísticos, programas disponíveis, artefatos.  
Bibliografia:

 Apostila Texto complementar: Atomic Force Microscopy for Biologists - V. J. Morris, A. Patrick Gunning, A. R. Kirby  
 
MPT 732 - TÓPICOS BÁSICOS EM SEQUENCIAMENTO DE DNA


Carga horária: 15 h Prof. Responsável: Ana Beatriz Furlanetto Pacheco Ementa: Princípios da técnica de sequenciamento de DNA (método de Sanger). As primeiras tecnologias de sequenciamento automático de DNA (gel e capilar); Evolução do sequenciamento automático de DNA e o surgimento das técnicas de nova geração (pirosequenciamento, emulsão, Solid, Illumina); Aplicações do sequenciamento de nova geração. Demonstração prática de sequenciamento automático de DNA incluindo a reação, aplicação no aparelho, recuperação e análise dos resultados.  
Bibliografia: Aulas

 http://www.ufpe.br/biolmol/aula8-sequenciamento.htm

 http://www.ibb.unesp.br/extensao/acidos_nucleicos/material_didatico/12_s... dos_e_principios.pdf

 http://www.proto.ufsc.br/downloads/graduacao/Sequenciamento_curso_verao.pdf  
Animações

 Applied Biosystems

 http://media.invitrogen.com.edgesuite.net/ab/applications-technologies/p...

 Biology Animation Library

 http://www.dnalc.org/resources/animations/sangerseq.html

 http://www.dnalc.org/resources/animations/cycseq.html  
Artigos

 Metzker, M. L. (2010) Sequencing technologies — the next generation. Nat. Rev. Genet. 11:31 [doi:10.1038/nrg2626]

 Carvalho, M. C. C. G. & Silva, D. C. G. (2010) Sequenciamento de DNA de nova geração e suas aplicações na genômica de plantas. Ciência Rural.40:.735-744   

 http://www.scielo.br/pdf/cr/v40n3/a505cr1820.pdf  
Livro

 DNA Recombinante Genes e Genomas - James D. Watson; Richard M. Myers; Amy A. Caudy; Jan A. Witkowski - (2009) Editora Artmed 

 
MPT 733 – CITOMETRIA DE FLUXO II


Carga horária: 15h  Prof. Responsável: Robson Coutinho Silva Ementa: Titulação de anticorpos fenotípicos. Titulação de anticorpos fenotípicos. Compensação de marcação. Fenotipagem celular. Ensaio de apoptose celular por formação de corpos hipodiploides e ciclo celular. Ensaio de apoptose x necrose por marcação com anexina-5

MPT 734 – PURIFICAÇÃO DE CÉLULAS DO SISTEMA IMUNE


Carga horária: 30 h  Prof. Responsável: Célio Geraldo Freire de Lima Ementa: Reconhecimento dos órgãos linfóides e isolamento de células: Macrófagos, Células Dendríticas, Linfócitos T CD4 e CD8, Linfócitos B1 (B1a e B1b) e B2 e Neutrófilos. Ao final do curso o aluno estará apto a reconhecer os componentes celulares e discutir sobre suas funções. O aluno também estará preparado para isolar, caracterizar e realizar testes imunológicos: Opsonização, Fagocitose, Migração Celular, Ativação Celular e Interação Celular. Avaliação será obtida através de seminários e das práticas realizadas no laboratório.